Les objectifs de sélection de la race combinent haute production de matière protéique et morphologie fonctionnelle. Des index sont calculés pour les animaux appartenant à la Base de Sélection (collecte des données de production par France Conseil Elevage) et au Service Elaboré (collecte des données morphologiques par les techniciens de PRIM'HOLSTEIN FRANCE).

Compte tenu de la stratégie génétique raciale, l’Index de Synthèse (ISU) regroupe les index de production (INEL, 50%), de morphologie (12,5%) et fonctionnels (Cellules : 12,5%, longévité : 12,5%, fertilité : 12,5%). Afin de toujours rester au plus près des préoccupations des éleveurs, une nouvelle formule de l'ISU sera appliquée à partir de février 2012. Elle met l'accent sur les caractères fonctionnels, tout en permettant de conserver un niveau de production élevé.

 Chaque année, plus de 2 500 000 vaches sont inséminées en race pure et plus de 600 taureaux sont testés par les Unités de Sélection françaises. La France participe à l’évaluation internationale faite par Interbull.