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Commentaires des index génomiques 10/2 par Rémy Vermès.
Exit la SAM2, nous parlerons maintenant de Sélection Génomique (ou SAMG).
Les principaux changements intervenus depuis les derniers calculs
- En premier lieu, la population de référence sur laquelle
s’appuie l’indexation génomique est passée de 4 000 à 16 000 taureaux
(à la fois génotypés et évalués sur descendance) grâce à la mise en
place d’Eurogenomics.
- Ensuite, le suivi des régions chromosomiques s’est
considérablement étendu pour arriver à un nombre compris entre 276 et
714 régions selon le caractère indexé
- Les performances des femelles sont prises en compte différemment pour limiter l’impact des traitements préférentiels
- Enfin, de nouveaux caractères sont indexés, les caractères
de morphologie manquants et 5 caractères fonctionnels (longévité,
facilité de naissance et de vêlage, vitalité des veaux à la naissance
et au vêlage). Par rapport aux taureaux polygéniques, il ne leur manque
plus que les index mammites cliniques et intervalle vêlage/1ère IA.
Conséquences
La méthode s’affine peu à peu et ce nouvel outil génétique gagne en
précision.
Ainsi, les CD gagnent de 0,07 à 0,15 point suivant les caractères
concernés et ils tournent en moyenne à hauteur de 0,65 pour la
production, 0,60 pour la morphologie et les cellules, et un peu moins
pour la fertilité. Des CD cependant toujours inférieurs à 0,7 et donc
des index qui pourraient être sujets à de sensibles variations.
Variations d’index : faible en moyenne mais…
Si on compare les index des 363 taureaux dont les entreprises de
sélection ont demandé la diffusion des index (dont 130 nouveaux) à ceux
des 239 taureaux de février, on remarque que les 2 lots ont des valeurs
très proches et ce quelque soit le critère considéré.
Mais cette apparente stabilité cache des variations individuelles
très importantes et parfois surprenantes. Les chiffres sont édifiants
avec des évolutions extrêmes entre les 2 méthodes de calcul de -38 à
+28 en Isu, -1264 à +1255 kg en lait, -2,3 à +2,3 en TP, -1,5 à +1,4 en
cellules ou -1,3 à +1,4 en fertilité.
Pour prendre un exemple concret, qui aurait pensé que Coldav Isy,
un des meilleurs fils de Goldwyn en index lait, de surcroît issu d’une
famille de vaches réputée, se retrouverait quelques mois plus tard
nettement négatif dans ce même index après une chute record de 1264 kg
de lait ? Avec 126 points d’Isu, il est tombé bien bas mais,
heureusement, l’index morphologique global reste excellent à +2,8 et il
valait mieux l’avoir d’abord choisi sur ce critère.
Pour lui comme pour quelques autres qui se révèlent après coup
moins intéressants, il était primordial de suivre la règle numéro un de
l’utilisation des index génomiques : varier les taureaux utilisés et surtout ne pas utiliser un individu en grande quantité, eût-il le meilleur des papiers.
Bien sûr, les cas inverses existent aussi, à l’exemple de Deige, autre
fils de Goldwyn, dont l’index lait se révèle meilleur que prévu, alors
même qu’il garde ses atouts en morphologie et fonctionnels.
En tout cas, par rapport à certaines évolutions du modèle vues
depuis un an, celle-ci semble moins tenir compte de l’identité des père
et grand-père maternels. Par exemple, le montage Bolton sur O-man
réserve des surprises dans l’évolution de l’index lait autant à la
hausse (Climb Isy +1255 kg) qu’à la baisse (Dirst -1203 kg).
Des nouveautés intéressantes ?
Première remarque : nous retrouvons à un autre niveau le
problème de manque de variabilité observé dans la sortie polygénique
avec les trop nombreux fils de O-man.
Car il est bien difficile d’éviter la présence de O-man, Shottle,
Bolton ou Goldwyn dans les pedigrees (ces taureaux étant les principaux
pères des taureaux polygéniques qui vont être indexés dans les 2 années
à venir).
Certains répondront que c’est dans les vieilles marmites qu’on fait
la meilleure soupe. D’ailleurs, on trouve même dans la génération née
en 2009 des croisements Shottle x Goldwyn ou Goldwyn x Shottle à des
niveaux très intéressants (Euripide ou Eolien) !
Mais si on cherche des origines (au moins paternelles) différentes, on
se dirigera vers :
• Les premiers fils de Planet bien placés dans les palmarès (Electorat, Evarne, Elfe)
• Les fils de Frosty, souvent champions en fertilité (Drance Isy, Duroy Isy, Dounty)
• Les fils de Baxter pas faibles en taux (Dactyl Isy, Defluent)
• Les fils de Stol Joc (Duga Isy, Dialog)
• Des fils de Ramos ou Mascol pour les fonctionnels (Surefire, Conectar)
• Des fils de taureaux canadiens pour la variabilité, tels que Pagewire (Drival), Sidney (Edgar) ou Givenchy (Clyde)
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